พระปรางค์วัดราชบูรณะมีกรุใหญ่และลึก กรมศิลปากรทำการขุดเรียบร้อยแล้ว เมื่อปี พ.ศ. 2500 ในปัจจุบันเปิดให้เข้าไปชมกรุได้ตามปกติ กรุพระปรางค์วัดราชบูรณะมีทั้งหมด 3 ห้องใหญ่ ๆ เรียงกันลงไปแนวดิ่ง โดยชั้นล่างสุดอยู่ในแนวระดับพื้นดิน ดังนี้

เป็นชั้นที่อยู่บนสุด เดิมมีผนังก่อปิดภาพทั้งหมด (ภาพคนจีน เทพชุมนุม ฯลฯ) หลังผนังทำเป็นช่องเล็ก ๆ ใส่พระพิมพ์และพระพุทธรูปไว้จนเต็ม และในนั้น คนร้ายพบพระพุทธรูปทองคำขนาดหน้าตัก 1 ศอก อยู่ 3-4 องค์

เป็นชั้นกลาง มีถาดทองคำ 3 ใบเต็มไปด้วยเครื่องทอง กรมศิลปากรได้รื้อพื้นออก จึงทำให้กรุห้องที่ 2 และ 3 เชื่อมกัน มีจิตรกรรมเป็นภาพอดีตชาติพระพุทธเจ้า วาดอยู่ในช่องสี่เหลี่ยมและรอบ ๆ มีโต๊ะสำริดเล็ก ๆ ตั้งอยู่ทุกซุ้มเว้นด้านใต้ ใช้วางเครื่องทอง และ ผ้าทองที่ขโมยให้การว่าแค่แตะก็ป่นเป็นผงแล้ว

เป็นห้องที่อยู่ในสุด เป็นห้องที่สำคัญที่สุด บรรจุพระบรมธาตุ ซึ่งเก็บรักษาอย่างดีในเจดีย์ทองคำและรอบ ๆ ยังเต็มไปด้วยพระพุทธรูปต่าง ๆ